Desde o inicio de suas atividades, o melhoramento genético do algodoeiro foi a principal atividade da Embrapa Algodão. Na década de 80, o Centro passou a investir mais no desenvolvimento de variedades anuais de ciclo precoce como estratégia para a convivência com o bicudo. Na década de 90, a Embrapa Algodão passou a promover pesquisas para o desenvolvimento de cultivares de algodoeiro adaptáveis às condições do Cerrado brasileiro. A obtenção e distribuição da CNPA ITA 90 a partir de 1992 foi o marco para a consolidação da cotonicultura na região. E desde 1997, a Unidade tem lançado de uma a três cultivares por ano para o Cerrado, que tem aproximadamente metade de sua área de algodão plantada com variedades da Embrapa. Para o Nordeste, já foram desenvolvidas 11 cultivares de algodão branco. A empresa tem apostado agora no algodão colorido como produto diferenciado para a região. Pioneira no desenvolvimento do algodão colorido no país, a Embrapa lançou a primeira cultivar, BRS 200 Marrom, em 2000. A BRS Verde foi colocada no mercado em 2003 e BRS Safira e BRS Rubi, em 2005. Todas foram obtidas por meio de métodos de melhoramento genético convencionais e sua pluma tem tido crescente demanda no mercado. Além de adaptadas às fiações modernas, as cultivares de algodão colorido da Embrapa reduzem os custos de produção para a indústria têxtil e o lançamento de efluentes químicos e tóxicos, por dispensarem o uso de corantes.Outra importante tecnologia para a agricultura familiar é a mini-usina de beneficiamento de algodão, que descaroça e enfarda a pluma agregando valor à mercadoria do pequeno produtor.
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